南京医科大学分析测试中心由原电镜室更名而来，始建于1964年。 1997年，电镜室曾作为学校组建江苏省生殖医学重点实验室的重要硬件支撑条件。2003年，电镜室扩充为学校的大型仪器中心，成为为全校科研提供技术支撑的大型仪器共享平台。 2010年11月经学校领导批准，正式更名为南京医科大学分析测试中心。 2016年5月，中心整体搬迁至江宁校区学海楼。这些年来，在校院领导的支持下，中心取得了长足的发展，现有实验室面积1000m²左右，仪器设备总资产达6000多万元。 中心自成立以来，始终坚持“以人为本、高效便捷”的服务理念，以服务教学科研为中心，注重临床与基础的结合，为学校学科建设、人才培养和科学研究提供重要保障和强有力的支撑。

分析测试中心作为为全校科研提供技术支撑的大型仪器共享平台，现有实验技术人员20人，其中正高级实验师1人，高级实验师2人，实验师10人，助理实验师1人，拥有博士学位的占10%，硕士学位的占45%。近五年来，中心承担了国家重点研发计划子课题2项，国家自然科学基金面上项目2项，青年基金1项，省部级课题3项，国内外发表具有自主知识产权的SCI论文14篇，发明专利4项，获得江苏省分析测试科学技术奖一等奖1项。